En esta tercera etapa es importante el concepto de “nido”, y en general las dificultades en esta etapa se estudian cuando ya se han descartado anomalías en las dos etapas anteriores. Si el nido no acoge de forma adecuada a ese embrión sano, se puede producir la falla de implantación. El embrión llega al útero en un momento específico, conocido como la ventana de implantación, en donde las hormonas han programado al endometrio para que el embrión logre adosarse a este. Entonces, en esta etapa, entran en juego variables muy relevantes, tales como el sistema inmunológico y vascular de la madre. 

En el centro médico CEFIR, junto al Dr. Germain, ambos especialistas han diseñado una estrategia para estudiar en profundidad el “nido”. Existen diferentes estrategias o procedimientos para estudiar el ambiente del útero y el endometrio. En general, se pueden utilizar ecografías transvaginales para evaluar la estructura uterina y medir el grosor endometrial; histeroscopías para visualizar el interior del útero; biopsias endometriales para tomar tomar una muestra del tejido del endometrio y realizar análisis más profundos; pruebas microbiológicas para detectar infecciones bacterianas o virales que pueden afectar la implantación; pruebas moleculares para determinar el momento óptimo para la transferencia embrionaria (es decir, la ventana de implantación); la evaluación de factores inmunológicos para analizar la composición de las células inmunitarias en el endometrio; análisis hormonales para asegurarnos de que las hormonas sexuales estén dentro de los parámetros óptimos para la implantación; y evaluar el flujo sanguíneo uterino para detectar posibles problemas de vascularización que podrían afectar también la implantación.